Постриган е за монах през 1960 г. в манастира Дусику. През следващата година вече е йеромонах, духовник и игумен на св. обител „Преображение Господне" (Големия Метеор). Поради увеличения брой туристи условията за духовен живот на Метеора стават все по-трудни и през 1973 г. цялото братство се премества в манастира Симонопетра (Света Гора). Старецът Емилиан е избран за игумен през 1973 г. и остава такъв до 2000 г., когато се оттегля поради болест. Днес той живее в метоха „Благовещение Богородично" (Ормилия) към обителта и с радва на любовта и грижите своите духовни чеда.