В средновековна Япония десетки родове от Ига и Кога владеели нинджуцу. Повечето били от самурайската класа. В Кога клановете им били 53. В Ига господствали три рода - Хатори, момоти и Фуджибаяши.
Към втората половина на 15 век Япония навлязла в период на нескончаеми войни. Тогава нинджите от Ига и Кога превърнали изкуството си в сделка, отдавайки "под наем" шпиони и убийци. След като били разбити от Ода Нобунага, те се пръснали из цялата страна и създали нови школи по нинджуцу. С идването на власт на шигунитие от династия Токугава и установяването на траен мир, започнал бавния упадък на нинджуцу: за тях оставало все по-малко поле за действие. Част от нинджите постъпвали на служба при шогуната като тайни агенти, други формирали шпионски отряди в армията.
Те не били само хладнокръвни наемни убийци и шпиони, както ги представят някои автори. Не случайно тяхото изкуство се е съхранило 1300 години. Ключът в това изкуство е девизът им: "Търпението над всичко!".