В първата си книга "Безкръвното гонение на Църквата" Павел Игнатов изследва новата история на църквата, която ръководи. Отношението на тоталитарното комунистическо управление към нея се разглежда въз основа на богат документален, архивен и споменен материал, но анализът надхвърля рамките на конкретните факти, за да се разглеждат проблемите в широкия контекст на духовността в Югоизточна Европа. Поставят се важни въпроси за съдбата на малцинствените религиозни общности в страните с доминиращо православно вероизповедание, за практическите аспекти на реформационни процеси, такива, каквито се осъществяват от автора като лидер на една от най-големите евангелски общности в страната.