Той остава в бункера под райхсканцеларията докрай и изчезва в нощта на 1 май 1945 година. След време намират останките му и ги погребват. През 1963 година отварят гроба му, но експертизата доказва само едно: слуховете за неговата смърт са силно преувеличени. През 1970 година ЦРУ създава специално досие за издирването му, но изводът е песимистичен: практически невъзможно е да се изясни истината за неговото изчезване.
Издирването продължава десетилетия, но Хайнрих Мюлер, всесилният шеф на тайната държавна полиция на Третия райх (гестапо), сякаш потъва в нищото. Изчезват и най-важните досиета на службата му, както и агентурните списъци. Студената война е в разгара си и всички спецслужби ги искат. В тях се крие отговорът на някои от най-големите загадки на Втората световна война. В тях е и ключът към мръсните тайни на стотици видни личности от политиката, разузнаването и бизнеса.
А може би някой все пак го е намерил? През есента на 1948 година представители на новосъздаденото ЦРУ преговарят дълго с един човек, който необезпокоявано живее в Швейцария под чуждо име. Целта им е да го завербуват като консултант и да получат досиетата му. От 800-те страници на стенограмата се ражда една от най-сензационните книги напоследък: „Гестапо-Мюлер. Вербовъчни разговори". Неин автор е американският журналист и изследовател Грегъри Дъглас.